Penelitian tentang konflik di Aceh ini merupakan penelitian pada tahun ke tiga. Jika penelitian tahun pertama difokuskan pada konflik GAM NKRI, baik melalui analisis faktor faktor historis maupun masalah masalah yang lebih mutakhir, maka pada tahun kedua, diarahkan pada pembahasan tentang orientasi dan peran berbagai stakeholder di Aceh, baik unsur unsur pemerintahan maupun unsur unsur masyarakat umum dalam upaya penyelesaian konflik Aceh. Keseluruh rangkaian penelitian tiga tahun ini pada hakekatnya merupakan bagian dari program riset kompetitif dan diseminasi Iptek LIPI -- subprogram penelitian terpadu Konflik di Indonesia: Penyebab, Karakteristik, dan Penyelesaian Jangka Panjang”-- yang diharapkan dapat menghasilkan suatu hasil penelitian multidisipliner yang komprehensif dan terfokus, sehingga memberikan kontribusi yang besar dan lebih baik bagi upaya pembangunan bangsa dan penyelesaian masalah masalah sosial yang terjadi di dalam masyarakat, termasuk persoalan konflik di Aceh. Konflik di Aceh yang seringkali dikatakan sebagai ‘konflik bernuansa separatisme’ itu sangatlah kompleks dan dinamis, oleh karena itu penelitian selama tiga tahun ini pada prakteknya hanyalah merupakah satu langkah awal dari upaya memahami permasalahan di Aceh secara lebih komprehensif dan mendalam. Walaupun penelitian selama tiga tahun ini juga didasarkan pada tujuan praktis untuk mencari solusi alternatif yang cepat dan tepat bagi kondisi dan persoalan Aceh, akan tetapi sebagaimana sifat konflik itu sendiri yang selalu berubah mengikuti perkembangan dan perubahan masyarakat, maka pada dasarnya tidak ada satu solusi pun yang ditawarkan dalam penelitian ini, baik secara implisit maupun eksplisit, yang dapat menjadi solusi akhir yang benar-benar tepat. Seperti yang tampak dari hasil penelitian tahun ketiga ini, penerapan solusi bagi konflik Aceh telah dilakukan oleh para stakeholder Aceh sendiri, dengan ditanda tanganinya perjanjian perdamaian Helsinki pada bulan Agustus 2005. Sepertinya, dialog sebagaimana yang juga diusulkan dalam penelitian tahun sebelumnya telah berhasil dilaksanakan oleh pihak pihak yang berkonflik yaitu GAM dan NKRI. Kesepakatan damai yang dicapai untuk Aceh tersebut baru merupakan bagian awal dari tahap ketiga dalam seluruh rangkaian konsep penyelesaian atau transformasi konflik yang meliputi tahap de-eskalasi konflik, tahap negosiasi, tahap problem solving, dan tahap peace building yang terdiri dari tahap rekonsiliasi dan konsolidasi. Situasi di Aceh saat ini masihlah belum 100% kondusif bagi pihak pihak antagonis untuk melakukan transformasi konflik ke arah resolusi karena masih adanya kecurigaan yang mendalam di antara mereka. Tahap rekonsiliasi yang merupakan tahap pemulihan kembali memang merupakan tahapan yang sangat berat dan sulit. Oleh karena itu, seluruh stakeholder di Aceh masih harus menguatkan tekad dan komitmen mereka dalam bekerja untuk perdamaian di Aceh. Barangkali hasil penelitian LIPI selama tiga tahun ini, khususnya di tahun ketiga ini bisa membantu banyak pihak untuk melihat apa yang sudah mereka hasilkan dan juga apa yang masih harus mereka lakukan sehingga bisa memotivasi mereka untuk selalu menjaga perdamaian di Aceh, khususnya ketika sebagian besar masyarakat Aceh sangat berharap terhadap terciptanya perdamaian yang langgeng di Aceh setelah berpuluh bahkan beratus tahun dilanda kekerasan yang silih berganti. Terlebih lagi setelah terjadinya bencana Tsunami yang memporak-porandakan Aceh dan mengakibatkan banyak keluarga kehilangan anggotanya dan sekaligus tempat tinggal mereka, perdamaian menjadi suatu hal yang teramat sangat didambakan.
